L'origine du Fort Saint Jean remonte au XIIe siècle. A l'époque des croisades, le site est concédé aux Hospitaliers de Jérusalem, qui s’y installent et élèvent leur commanderie pour acheminer les troupes vers la Terre Sainte. Ils occupent d’abord l'ancienne Chapelle de Saint-Jean-Baptiste, puis entreprennent la construction d'une nouvelle église, d’un l'hôpital et du Palais du Commandeur. L'ensemble est achevé en 1365.

Entre 1447-1453, le Roi René souhaite assurer­ plus efficacement la défense du port. Il fait édifier sur l’emplacement de la tour Maubec, détruite en 1423, la Tour Carrée qui porte d'ailleurs son nom : "Tour du roi René".

Au milieu du XVIIe, les armateurs marseillais veulent fortifier l’ensemble par une tour de vigie, suffisamment haute pour être visible des navires de commerce à plus de 20Km de la rade de Marseille. On fait alors construire la "Tour du Fanal" ou Tour Ronde.

A la suite de la rébellion des Marseillais contre le pouvoir royal (de 1658 à 1660), Louis XIV est décidé à tenir la ville en respect. Il fait construire les citadelles à l'entrée du port. Le 14 août 1668, la première pierre du fort est posée par le Chevalier de Clerville. Vauban prend la succession en 1678 et fait creuser un large fossé destiné à isoler le promontoire.

Le fort garde un rôle strictement militaire jusqu'à la révolution française, avant d'être transformé en prison d'état. Pendant la seconde guerre-mondiale, en 1942, les allemands installent dans le fort intérieur, des dépôts de munitions pour les mettre à l'abri d'éventuelles attaques aériennes. Mais en août 1944, les munitions explosent, détruisant une grande partie des constructions.

Le Fort Saint Jean s'ouvre aujourd’hui au grand public avec la programmation d'expositions du Musée des Civilisations de l'Europe et de la Méditérranée ( MuCEM ). ­

Nocturne le vendredi jusqu'à 22h (du2 mai au 31 octobre)

Ouvert le dimanche